Institucija katoliške Cerkve je bila neločljivo povezana z oblastjo. Papeži in vladarji so se ves srednji vek spopadali za pravico postavljanja škofov, torej za vprašanje, ali je vplivnejša cerkvena ali posvetna oblast. V začetku 14. stoletja so od nemških cesarjev prevzeli pobudo francoski kralji, ki so imeli v pesti konklave; tako so bili praktično celo 14. stoletje izvoljeni samo francoski papeži, ki so preselili sveti sedež v Avignon, da bi se izognili pritisku rimskega plemstva. Rim je odgovoril z izvolitvijo lastnega papeža, razkol pa je poglobila še nevtralna stran s tretjim papežem. Koncil v Konstanci 1415-18 je naredil konec zmedi in papežev sedež se je ponovno ustalil v Rimu.
Za to obdobje so bile značilne številne ljudske pobožnosti in bratovščine. Nekatere so včasih presegle okvirje predpisanega in dovoljenega ter je Cerkev z njimi kmalu obračunala; na druge se je naslonila in jih sprejela kot pomočnike. Kot gobe po dežju so rasli mistiki, pridigarji, puščavniki in druga verska združenja. Zelo priljubljena so bila romanja.
Cerkev je zahtevala poslušnost in je odklanjala svobodno mišljenje posameznika, saj bi to omajalo njeno moč in vpliv – tako duhovni kot politični. Številni misleci in znanstveniki so se tako znašli v nemilosti in najnesrečnejši kot krivoverci končali na grmadi (Jan Hus – verski in politični reformator, Giordano Bruno – Kopernikov učenec), za kar je skrbela inkvizicija. Razvila se je v Španiji kot orodje obračunavanja z Arabci in Judi. Potem pa se je razširila po vsej Evropi in vseh področjih ter je bila pomembno orodje protireformacije. V tem obdobju je že začela sistematično preganjati “čarovnice”.
Številne napake cerkvene ureditve, pogoltnost, neizobraženost, razvrat, posvetnost in ekskluzivnost duhovnosti, so kritizirali verski reformatorji (Jan Hus, John Wycliffe, Jean Calvin idr.). Martin Luther je 1517 svoje zahteve po reformi strnil v 95 tez in jih pribil na vrata wittenberške katedrale. Ker Cerkev ni bila pripravljena na reformo se je Luthrova ločina od nje odcepila in nastal je protestantizem, nova oblika krščanske vere.
Reformacija je obdobje, v katerem je prišlo do še ene ločitve krščanske vere (po vzhodni shizmi s pravoslavci 1054) – protestantizem se je uradno rodil 1555 po augsburškem miru, ko je bilo sklenjeno, da se prebivalcem dežele dovoli tista vera, kot je bila vera njihovih deželnih knezov. Protestantska cerkev ne priznava enega središča in tako so se ločili od papeža v Rimu; temelj vere je samo Biblija; vera mora biti razumljiva vsakemu posamezniku, zato so bogoslužje izvajali v domačih jezikih in prevajali Sveto pismo in ostale verske tekste. Za širjenje svojih idej in literature so v veliki meri uporabljali ravno izumljeni tisk.
Protestantizem ni urejen centralno, ampak regionalno; zato ima številne ločine. Najpomembnejše tri veje protestantizma so luterani (večina nemških protestantov ter tistih na Slovenskem), kalvinci (v Franciji hugenoti, v Britaniji puritanci, ki so postavili temelje poznejšim ZDA), anglikanci (mešanica katolicizma in protestantizma, nastali zaradi samovoljne odcepitve Henrika VIII., ki je želel ločitev, od Rima).
Katoliška Cerkev je morala nemudoma ukrepati, da je zaustavila hud odliv vernikov. Sklicali so tridentinski koncil (1545-1563), kjer so izvedli nekaj reform. Ustanovili so semenišča ter strogo uzakonili celibat, Veliko moč in spodbud so dali novima redovoma – jezuitom (izobraževanje, inkvizicija, pokristjanjevanje kolonij) in kapucinom (pridigarstvo, priljudnost, mestne postojanke). Sprožili so proces protireformacije v katoliških deželah, s katerim so učinkovito obračunali s protestantizmom.